Asamblea de Socios, es el organismo máximo de ASOEX y su principal función es definir las políticas de la institución, establecer las cuotas de sus asociados y designar anualmente su Directorio, acorde a lo señalado en los Estatutos.

Directorio, tiene por funciones implementar las políticas establecidas por parte de la Asamblea de Socios, para lo cual define todos los aspectos financieros, operacionales y administrativos para el adecuado funcionamiento de la entidad.

Presidencia, es responsable de implementar la administración general de la entidad y de la implementación de los acuerdos del Directorio.

Contralor Financiero, responsable de supervisar el adecuado funcionamiento financiero de entidad.

Secretaría General, encargado de apoyar y ejecutar las tareas que determina la Presidencia y de la Gerencia General, así como coordinar el funcionamiento de los comités de productos.

Gerencia General, es la responsable de la administración de todas las acciones definidas por la Presidencia, en sus diferentes áreas.

Área de Finanzas y Contabilidad, cuenta con dos sub gerencias: Control de Gestión Presupuestaria y Contabilidad quienes ejecutan las tareas que le son propias.

Área de Promoción de Productos, responsable de la administración y ejecución de las actividades de promoción en los mercados externos.

Área Técnica, se encarga de la administración de los distintos convenios fitosanitarios que administra ASOEX, materias relativas a plaguicidas y aditivos, información de aranceles aduaneros y, otras materias de carácter técnico-profesional.

Área Operacional e Informaciones reúne las sub-áreas de: Agencia Operadora de CORFO, Oficinas Regionales de ASOEX, Certificación de Competencias Laborales, Estadísticas de Exportaciones de Frutas y Hortalizas, Simfruit, Certificación de Origen, y otras actividades relativas a seminarios e información a la industria.

Área de Computación e Informática, entrega el soporte técnico-computacional a toda la organización, a fin de utilizar adecuadamente las tecnologías de la información y manejo de datos disponibles.